科学馆园区坐落于集美学校的中心地带，园区用地长150米，宽116米。包含科学馆、科学馆南楼（也称科学馆教室）、图书馆、军乐亭等。

陈嘉庚创办集美学校之初，就十分重视培养学生的科学精神、实践技能和专业知识。1918年，集美师范和中学开办后，为满足师生教学需要，先后建造了图书馆、科学馆、植物园、音乐室、美术馆等,简称“三馆一园一室”。

科学馆建成于1922年秋，是集美学校培养学生科学实践能力的重要场所，也是集美学校先进的办学理念和优质的办学条件的历史见证。2006年，国务院核定其为第六批全国重点文物保护单位。科学馆坐北朝南，砖木结构，建筑面积2657平方米，门楼及角楼为四层，两翼为三层，建筑设前后廊式，一楼为拱券廊，二楼为方形廊、中间装饰哥特式圆柱，三楼设前后阳台，屋顶为西式双坡顶，铺红色机平瓦。外墙以白色为主色调。门楼及角楼山墙装饰丰富，柱头、屋檐及山花作巴洛克式装饰。

科学馆南楼1956年1月作为科学馆配套教室建成，该楼外墙面正立面为黄色，其余三面为灰色，俗称“小黄楼”。双坡红色屋顶，平面呈前廊式布局，廊面及东西两翼均为圆拱西式券廊，该楼南北通透，采光通风良好，现为美术与设计学院办公楼，厦门市市级文物保护单位。

科学馆园区建成时是集美学校的“核心区”，早期除承担“科学馆”功能外，还是校董会的所在地。陈嘉庚十分重视科学馆內试验器材及标本添置，科学馆成立初，各种标本、化学品具备，都是陈嘉庚从南洋选购寄回国的，集美学校建校20周年时科学馆“拥有仪器、标本三万余件”，至今标本室（现移设中山纪念楼）里尚保存着百年前从日本购入的植物标本。1920-1930年代，科学馆设立了化学研究会、自然科学研究会、无线电研究会等各种研究会，培养学生兴趣爱好和实验精神。抗战内迁八年多的岁月，仪器设备随着校舍搬迁几经辗转，在艰难的环境中仍为学生求学求知创造条件。1946年春，科学馆修复后，分散在各地的设备陆续运回集美，集中整理后开放，教室、实验室、陈列室、暗室、X光室等均恢复原样。1948年5月，学校在科学馆成立了“集美学校科学研究会”，并公布《集美学校科学研究会章程》，科学馆重新成为了学生进行科学试验的重要场所。

1970年代，集美师专在此办学，接续集美师范教育的血脉。集美师专有了新校区后，其美术和音乐专业仍然在此办学。2016年，在集美学校委员会的大力支持下，集美大学启动科学馆及图书馆、科学馆南楼、军乐亭等大规模保护性修缮。2018年春，集美大学美术与设计学院“回归”科学馆园区，将此处打造成了“闹中取静 精致秀丽”精品园区。

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